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Alerte aux superbactéries

Le Québec a sa place au panthéon de la microbiologie nord-américaine. Il y a une dizaine d’années, les hôpitaux québécois ont connu la pire épidémie de Clostridium difficile de l’histoire de la médecine au Canada et aux États-Unis. Plus d’un millier de patients, soit le double du bilan annuel habituel, étaient alors décédés après avoir contracté une souche coriace de cette bactérie nosocomiale.

Le Québec a sa place au panthéon de la microbiologie nord-américaine. Il y a une dizaine d’années, les hôpitaux québécois ont connu la pire épidémie de Clostridium difficile de l’histoire de la médecine au Canada et aux États-Unis. Plus d’un millier de patients, soit le double du bilan annuel habituel, étaient alors décédés après avoir contracté une souche coriace de cette bactérie nosocomiale.

Cinq ans plus tard, certains Canadiens demandant une prescription d’antibiotiques à leur médecin pour l’otite de leur enfant se font répondre de plus en plus fréquemment : « Revenez dans deux jours si ça ne s’améliore pas ».

Le lien entre les deux phénomènes n’est pas direct… mais presque. Depuis une dizaine d’années, les autorités de santé publique font des pieds et des mains pour réduire l’utilisation des antibiotiques. Leur hantise : une explosion de superbactéries qui seraient résistantes à plusieurs antibiotiques, comme C. difficile.

« Nous avons fait des progrès, mais là, nous atteignons un plateau », explique Allison McGreer, épidémiologiste à l’Université de Toronto auteure de nombreuses études sur le sujet. « Nous avons pris de nombreuses mesures en matière d’hygiène et de contrôle des antibiotiques dans les hôpitaux, et demandé aux médecins de famille de moins prescrire d’antibiotiques pour des maladies qui s’avèrent souvent virales, puisque les antibiotiques n’agissent pas sur les virus. Nous nous demandons quoi faire de plus pour progresser encore. »

L’automne dernier, les Centres de contrôle des maladies (cdc) des États-Unis ont révisé à la hausse l’impact du phénomène. La résistance aux antibiotiques coûterait chaque année au système de santé 20 milliards de dollars américains, causerait 23 000 morts – dont 14 000 seulement pour C. difficile – et générerait des « pertes de productivité » de 35 milliards à l’économie, notamment en congés de maladie. Selon Gerry Wright, spécialiste de la question à l’Université McMaster (Hamilton), en transposant l’étude au Canada, on arrive à des coûts annuels de deux milliards de dollars. En 2002, la dernière évaluation de l’impact au Canada était beaucoup plus conservatrice : 200 millions par année.

Antibiotiques en milieu hospitalier : un suivi déficient

Les cdc ont aussi affirmé que la moitié des antibiotiques prescrits aux patients américains sont inutiles. Au fil des ans, des études ont avancé que 80 % des otites guérissent d’elles-mêmes sans antibiotiques, tout comme la moitié des sinusites, et que la moitié des antibiotiques prescrits pour des vaginites ne servent à rien d’autre qu’à propager la résistance.

Lueur d’espoir, le Québec a un taux de prescription d’antibiotiques entre 20 et 40 % moins élevé que le reste du Canada, selon les années. « Nous avons fait beaucoup d’éducation médicale, particulièrement après la vague de C. difficile en 2004 », explique Karl Weiss, microbiologiste à l’hôpital Maisonneuve-Rosemont.

Dans une étude publiée en 2011, le Dr Weiss constatait une baisse de 10 % des prescriptions d’antibiotiques au Québec entre 2003 et 2007. Il a aussi publié, l’automne dernier, une étude montrant une baisse de 7 % des prescriptions d’antibiotiques au Canada entre 2000 et 2010.

Le problème, c’est que ces chiffres ne tiennent pas compte des antibiotiques utilisés dans les hôpitaux, dit la Dre McGreer. « Le système nord-américain de gestion des antibiotiques est antédiluvien, déplore-t-elle. Dans mon hôpital, pour un seul antibiotique, je dois tenir compte de 40 appellations différentes, selon la dose et même le nom donné à l’antibiotique. Ça me coûterait 10 000 dollars pour suivre chaque antibiotique. Multipliez cela par le nombre d’hôpitaux au pays, et vous comprendrez pourquoi les seules données dont nous disposons concernent les prescriptions en clinique externe, pour des antibiotiques que les patients se procurent en pharmacie. En Europe, le suivi est bien meilleur, et dans certains pays comme les Pays-Bas ou la Norvège, on prescrit probablement trois fois moins d’antibiotiques qu’au Canada. »

Progression de la tuberculose

La maladie la plus inquiétante quant à la résistance aux antibiotiques épargne par contre le monde occidental. « La tuberculose est probablement devenue dans certains cas totalement résistante aux antibiotiques », affirme Madhukar Pai, un épidémiologiste de l’Université McGill qui a beaucoup écrit sur ce danger dans les revues scientifiques comme dans les journaux indiens. « Depuis quelques années, le contrôle des voyageurs en provenance des pays très touchés par la tuberculose multirésistante, comme l’Inde, est devenu de plus en plus serré. Avant, seuls les immigrants devaient fournir des radiographies pulmonaires. Maintenant, on en exige aussi des étudiants. J’en ai deux ou trois qui ont dû en fournir avant d’être acceptés à McGill. »

En Inde, le plus grand fabricant au monde de médicaments antituberculose, les antibiotiques sont en vente libre, sans prescription, en partie à cause d’une grave pénurie de médecins. « On traite mal la tuberculose et on distribue des antibiotiques comme des bonbons pour des maladies face auxquelles ils sont inutiles », explique Marcel Behr, microbiologiste en chef du Centre universitaire de santé McGill.

Pour compliquer le tout, la recherche pharmaceutique a déserté le domaine des antibiotiques. Moins de 1 % des médicaments en développement sont des antibiotiques, selon un rapport de la Société américaine des maladies infectieuses (idsa). En 2010, un nouvel antibiotique antituberculose a été approuvé, le premier en 40 ans. « Les compagnies pharmaceutiques veulent des médicaments que les patients devront prendre longtemps, idéalement toute leur vie, dit la Dre McGreer. Dans mon secteur, la pédiatrie, on doit souvent prendre des antibiotiques pour adultes qui n’ont pas été testés pour les enfants, ou qui ont des effets secondaires lourds, comme la suppression des globules blancs. »

Les antibios et les animaux

Pour réduire la pression sur les hôpitaux, plusieurs estiment que l’agriculture devrait cesser d’utiliser des antibiotiques pour stimuler la croissance des animaux. L’Europe interdit l’utilisation des antibiotiques comme facteur de croissance des animaux, mais pas le Canada ni les États-Unis. Aux États-Unis, les animaux recevraient quatre fois plus d’antibiotiques que les êtres humains. En 1999, le Département américain de l’Agriculture avait estimé que l’élimination de cette pratique coûterait de 1 à 2,5 milliards de dollars américains par an.

« Nous avons le choix : soit on utilise les antibiotiques dans les opérations cardiaques pour sauver des vies, soit on en donne aux poulets pour diminuer le prix de nos croquettes », résume Gerald Wright, de l’Université McMaster, dont plusieurs études montrent que la résistance aux antibiotiques est largement répandue dans la nature, jusqu’au pergélisol arctique, qui n’a jamais été touché directement par l’agriculture ou la médecine.

L’interdiction des antibiotiques comme facteur de croissance n’a pas souvent fait diminuer le nombre de prescriptions vétérinaires, parce que les éleveurs invoquent un usage prophylactique, selon Jan Kluytman de l’hôpital Amphia, aux Pays-Bas, qui a beaucoup travaillé sur le staphylocoque doré chez le poulet. « Mais au Danemark, un programme de prévention agressif a permis une réduction des doses dans l’industrie du porc, et il semble y avoir une diminution de la résistance aux antibiotiques chez les humains, dit le microbiologiste néerlandais. Le risque est de créer graduellement un réservoir de résistance aux antibiotiques chez les animaux d’élevage, qui ne posera pas problème avant un certain temps, mais sera par la suite impossible à éradiquer. »

D’autres, notamment la puissante Association médicale vétérinaire américaine (avma), sont plus sceptiques. Un rapport du gouvernement britannique sur la résistance aux antibiotiques, s’appuyant sur une étude de la Commission européenne, affirmait même l’automne dernier que l’impact de l’agriculture sur le problème était « principalement » dû aux antibiotiques prescrits aux humains plutôt qu’à l’agriculture.

Qui plus est, les bactéries les plus coûteuses à combattre, comme celle de la tuberculose, sont souvent respiratoires. Or, l’utilisation des antibiotiques dans l’agriculture n’augmente probablement la résistance aux antibiotiques que pour les bactéries gastro-intestinales, selon Bonnie Marshall, de l’université Tufts (Boston), dont plusieurs études dénoncent l’utilisation des antibiotiques dans les fermes.

« Certains antibiotiques donnés aux animaux, par exemple la vancomycine, sont associés à de la résistance chez les humains dans certains pays, mais pas dans d’autres », explique Stuart Reid, du Royal Veterinary College de Herts, (Londres), qui a publié cet automne une étude absolvant les vaches écossaises de toute responsabilité dans la progression d’une souche multirésistante de salmonellose. « Je reste persuadé qu’il faut réduire la quantité d’antibiotiques utilisés dans les fermes, mais nous montrons que la situation est plus complexe qu’il n’y paraît. » 

L’hypothèse de l’hygiène

En 2009, seulement deux études ont été publiées sur les « greffes de selles ». En 2013, il y en a eu 70, ainsi qu’une vingtaine d’essais cliniques en cours.

Vous avez bien lu, les greffes de selles. Il s’agit de la manifestation la plus frappante de la légitimité croissante de l’« hypothèse de l’hygiène ».

« L’idée consiste à restaurer la composition microbienne dans le système digestif », explique le Dr Martin Desrosiers, chirurgien en otorhinolaryngologie (ORL) au Centre hospitalier de l’Université de Montréal et responsable des lignes directrices canadiennes sur la rhinosinusite, qui s’intéresse beaucoup à l’hypothèse de l’hygiène. « Une kyrielle d’études avancent qu’un certain type de communauté microbienne est essentielle au maintien de la santé. Certaines bactéries semblent restaurer l’immunité locale, voire peut-être d’un organe à un autre. On ne va pas remplacer les antibiotiques avec les greffes de selles ou d’autres flores microbiennes, mais dans les cas où les antibiotiques ne sont pas nécessaires, ça peut accélérer la guérison. »

Susan Lynch, de l’université de Californie à San Francisco, a réalisé plusieurs études sur l’hypothèse voulant que l’inflammation ne soit pas le signe d’une invasion par une bactérie néfaste, mais plutôt la conséquence d’un manque de bactéries protectrices. « On pense qu’il existe des boucliers microbiens pour les différentes parties de notre corps, explique la microbiologiste. Quand ces microbes bénéfiques sont tués par les antibiotiques, les microbes néfastes prennent leur place. »

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